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【24h】

Analysis of string-searching algorithms on biological sequence databases.

机译:分析生物序列数据库中的字符串搜索算法。

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摘要

String-searching algorithms are used to find the occurrences of a search string in a given text. The advent of digital computers has stimulated the development of string-searching algorithms for various applications. Here, we report the performance of all string-searching algorithms on widely used biological sequence databases containing the building blocks of nucleotides (in the case of nucleic acid sequence database) and amino acids (in the case of protein sequence database). The biological sequence databases used in the present study are Protein Information Resource (PIR), SWISSPROT, and amino acid and nucleotide sequences of all genomes available in the genome database. The average time taken for different search-string lengths considered for study has been taken as an indicator of performance for comparison between various methods..
机译:字符串搜索算法用于查找给定文本中搜索字符串的出现。数字计算机的出现刺激了针对各种应用的字符串搜索算法的发展。在这里,我们报告了所有字符串搜索算法在广泛使用的生物序列数据库中的性能,这些数据库包含核苷酸(在核酸序列数据库的情况下)和氨基酸(在蛋白质序列数据库的情况下)的构件。本研究中使用的生物学序列数据库是蛋白质信息资源(PIR),SWISSPROT,以及在基因组数据库中可用的所有基因组的氨基酸和核苷酸序列。考虑用于研究的不同搜索字符串长度所花费的平均时间已用作各种方法之间进行比较的性能指标。

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