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On patterns and re-use in bioinformatics databases

机译:在生物信息学数据库中的模式和重复使用

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摘要

Motivation: As the quantity of data being depositing into biological databases continues to increase, it becomes ever more vital to develop methods that enable us to understand this data and ensure that the knowledge is correct. It is widely-held that data percolates between different databases, which causes particular concerns for data correctness; if this percolation occurs, incorrect data in one database may eventually affect many others while, conversely, corrections in one database may fail to percolate to others. In this paper, we test this widely-held belief by directly looking for sentence reuse both within and between databases. Further, we investigate patterns of how sentences are reused over time. Finally, we consider the limitations of this form of analysis and the implications that this may have for bioinformatics database design.
机译:动机:随着在生物数据库存入的数据的数量继续增加,它对开发使我们理解这一数据的方法并确保知识是正确的至关重要。 它广泛地保持了不同数据库之间的数据,这会对数据正确性产生特别令人担忧; 如果发生这种情况,则一个数据库中的错误数据最终可能会影响许多其他数据库,而相反地,则一个数据库中的校正可能无法渗出给其他数据库。 在本文中,我们通过直接查找句子重复使用数据库之间和之间的句子来测试这种广泛的信念。 此外,我们调查如何随时间重复使用句子的模式。 最后,我们考虑这种形式分析的局限性以及这对生物信息学数据库设计的影响。

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