Ранее была показана стабильность состава и последовательности генов в 13 митохондриальных геномах мхов (Ренсинг с соавт., 2008, Science). Представляет интерес изучение эволюции митохондриальных геномов не только на уровне генов, но и на уровне нуклеотидных последовательностей. Для этого нами построен нуклеотидный пангеном митохондриальных геномов 24 видов мхов, представляющий собой совокупность блоков выравненных последовательностей ортологичных фрагментов геномов, покрывающих в совокупности все геномы. Нуклеотидный пангеном построен специально разработанной для этой цели программой NPG-explorer (NPGe). Показано, что стабильная часть митохондриального генома (232 стабильных блока) составляет в среднем 45% его длины. В объединенном выравнивании стабильных блоков 82% позиций консервативны. Филогенетическое дерево, построенное программой NPGe, хорошо соответствует другим филогенетическим реконструкциям. Программой NPGe идентифицировано 30 блоков с повторами длиной не менее 50 п.н. Максимальная длина блока с повторами составляет 140 п.н. Дупликации в митохондриальных геномах мхов редки, в среднем на геном приходится около 500 п.н. в крупных дупликациях. Определена суммарная длина вставок и делеций в каждом геноме. Процессы потери и приобретения участков ДНК в митохондриальных геномах мхов достаточно активны, и такие перестройки, очевидно, могут быть использованы как дополнительные маркеры при реконструкции филогении.
展开▼
机译：先前显示了13个苔藓线粒体基因组中基因的组成和序列的稳定性（Rensing et al。，2008，Science）。不仅在基因水平上，而且在核苷酸序列水平上研究线粒体基因组的进化都是令人感兴趣的。为此，我们构建了24种苔藓线粒体基因组的核苷酸全基因组，这是直系同源基因组片段的比对序列的一组块，覆盖了全部基因组。核苷酸全基因组是由专门为此目的开发的NPG-explorer（NPGe）软件构建的。结果表明，线粒体基因组的稳定部分（232个稳定块）平均占其长度的45％。在稳定块的组合比对中，82％的位置是保守的。由NPGe程序构建的系统发育树与其他系统发育重建非常吻合。 NPGe程序识别出重复至少50 bp的30个区块。重复的最大块长度为140 bp。苔藓线粒体基因组中的重复很少见;平均而言，该基因组约占500 bp。大量重复。确定每个基因组中插入和缺失的总长度。苔藓线粒体基因组中DNA区域的丢失和获取过程非常活跃，这种重排显然可以用作系统发育重建中的其他标记。
展开▼
