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A Comment on the Reweighting Method for Accelerated Molecular Dynamics Simulations

机译:加速分子动力学模拟的加权方法评述

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摘要

Accelerated molecular dynamics (aMD) is a popular method for biomolecular simulations. The estimator to recover the true free energy profile, termed "reweighting", constitutes a critical part of aMD. Recently the second order cumulant expansion has been recommended as an improved reweighting method. Here we examine the validity of this reweighting method and provide an insight into the need for selecting appropriate boost potentials.
机译:加速分子动力学(aMD)是一种流行的生物分子模拟方法。恢复真实自由能分布的估算器,称为“重新加权”,是aMD的关键部分。最近,已建议使用二阶累积量扩展作为一种改进的重加权方法。在这里,我们检查了这种重新加权方法的有效性,并提供了选择合适的增强潜力的见识。

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