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Source Code for Biology and Medicine
Source Code for Biology and Medicine
中文名称：生物学和医学的源代码
ISSN：
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2013
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1.
Git can facilitate greater reproducibility and increased transparency in science
机译：
Git可以促进更高的可重复性和科学透明度
作者：
Karthik Ram
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Reproducible research Version control Open science;
2.
CrypticIBDcheck: an R package for checking cryptic relatedness in nominally unrelated individuals
机译：
CrypticIBDcheck：R包，用于检查名义上不相关的个人中的隐秘关联性
作者：
Annick Nembot-Simo
;
Jinko Graham
;
Brad McNeney
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Cryptic relatedness IBD estimation Linkage disequilibrium Gene drop simulation;
3.
[COMMODE] a large-scale database of molecular descriptors using compounds from PubChem
机译：
[COMMODE]使用PubChem的化合物建立的大规模分子描述符数据库
作者：
Andreas Dander
;
Laurin AJ Mueller
;
Ralf Gallasch
;
Stephan Pabinger
;
Frank Emmert-Streib
;
Armin Graber
;
Matthias Dehmer
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Chemical databases Molecular descriptors PubChem QSAR QSPR;
4.
MIA - A free and open source software for gray scale medical image analysis
机译：
MIA-用于灰度医学图像分析的免费开源软件
作者：
Gert Wollny
;
Peter Kellman
;
María-Jesus Ledesma-Carbayo
;
Matthew M Skinner
;
Jean-Jaques Hublin
;
Thomas Hierl
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
5.
MEGADOCK 3.0: a high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments
机译：
MEGADOCK 3.0：高性能的蛋白质-蛋白质相互作用预测软件，在petascale超级计算环境中使用混合并行计算
作者：
Yuri Matsuzaki
;
Nobuyuki Uchikoga
;
Masahito Ohue
;
Takehiro Shimoda
;
Toshiyuki Sato
;
Takashi Ishida
;
Yutaka Akiyama
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Parallel computing Protein docking Protein-protein interaction network Protein-protein interaction prediction;
6.
Implementing a new EPR lineshape parameter for organic radicals in carbonaceous matter
机译：
为碳质物质中的有机自由基实施新的EPR线形参数
作者：
Mathilde Bourbin
;
Yann Le Du
;
Laurent Binet
;
Didier Gourier
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Electron paramagnetic resonance Lineshape Solid state chemistry Carbonaceous matter Exobiology Literate programming Python;
7.
Crowdsourcing the Corpasome
机译：
众包尸体
作者：
Manuel Corpas
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Corpasome;
Facebookome Shitinome;
8.
BioPatRec: A modular research platform for the control of artificial limbs based on pattern recognition algorithms
机译：
BioPatRec：基于模式识别算法的用于控制假肢的模块化研究平台
作者：
Max Ortiz-Catalan
;
Rickard Brånemark
;
Bo Håkansson
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Prosthetic control Pattern recognition Artificial limbs Myoelectric signals EMG Regulatory feedback networks;
9.
Inmembrane, a bioinformatic workflow for annotation of bacterial cell-surface proteomes
机译：
Inmembrane，一种用于注释细菌细胞表面蛋白质组的生物信息学工作流程
作者：
Andrew J Perry
;
Bosco K Ho
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Bioinformatics Proteomics Membrane protein Python Bacterial;
10.
Combining de novo and reference-guided assembly with scaffold_builder
机译：
将de novo和参考导向的装配与scaffold_builder结合
作者：
Genivaldo GZ Silva
;
Bas E Dutilh
;
T David Matthews
;
Keri Elkins
;
Robert Schmieder
;
Elizabeth A Dinsdale
;
Robert A Edwards
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Scaffolding De novo assembly Reference genome Genome sequencing Next generation sequencing Salmonella enterica serovar typhimurium Salmonella typhimurium;
11.
RECOT: a tool for the coordinate transformation of next-generation sequencing reads for comparative genomics and transcriptomics
机译：
RECOT：用于比较测序基因组和转录组学的下一代测序读段的坐标转换的工具
作者：
Akiko Izawa
;
Jun Sese
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Next-generation sequencers RNA-seq ChIP-seq Comparative genomics Comparative transcriptomics;
12.
BlaSTorage: a fast package to parse, manage and store BLAST results
机译：
BlaSTorage：用于分析，管理和存储BLAST结果的快速软件包
作者：
Massimiliano Orsini
;
Simone Carcangiu
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
BLAST Blast parser Python-package Serialized python object;
13.
Dispelling myths about rare disease registry system development
机译：
消除有关罕见病登记系统开发的神话
作者：
Matthew Bellgard
;
Christophe Beroud
;
Kay Parkinson
;
Tess Harris
;
Segolene Ayme
;
Gareth Baynam
;
Tarun Weeramanthri
;
Hugh Dawkins
;
Adam Hunter
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Rare disease Disease registry Software development;
14.
Superplot3d: an open source GUI tool for 3d trajectory visualisation and elementary processing
机译：
Superplot3d：用于3D轨迹可视化和基本处理的开源GUI工具
作者：
Luke J Whitehorn
;
Frances M Hawkes
;
Ian AN Dublon
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Trajectory Matlab Gui 3d Framework;
15.
GEMBASSY: an EMBOSS associated software package for comprehensive genome analyses
机译：
GEMBASSY：与EMBOSS相关的软件包，用于全面的基因组分析
作者：
Hidetoshi Itaya
;
Kazuki Oshita
;
Kazuharu Arakawa
;
Masaru Tomita
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
16.
CellSegm - a MATLAB toolbox for high-throughput 3D cell segmentation
机译：
CellSegm-用于高通量3D细胞分割的MATLAB工具箱
作者：
Erlend Hodneland
;
Tanja Kögel
;
Dominik Michael Frei
;
Hans-Hermann Gerdes
;
Arvid Lundervold
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Automated analysis Cell segmentation CellSegm High-throughput Nucleus staining Surface staining;
17.
GenePattern flow cytometry suite
机译：
GenePattern流式细胞仪套件
作者：
Josef Spidlen
;
Aaron Barsky
;
Karin Breuer
;
Peter Carr
;
Marc-Danie Nazaire
;
Barbara Allen Hill
;
Yu Qian
;
Ted Liefeld
;
Michael Reich
;
Jill P Mesirov
;
Peter Wilkinson
;
Richard H Scheuermann
;
Rafick-Pierre Sekaly
;
Ryan R Brinkman
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Flow cytometry Data analysis GenePattern FCS Data preprocessing Quality assessment Normalization Clustering;
18.
EEGgui: a program used to detect electroencephalogram anomalies after traumatic brain injury
机译：
EEGgui：用于检测脑外伤后脑电图异常的程序
作者：
Justin Sick
;
Eric Bray
;
Amade Bregy
;
W Dalton Dietrich
;
Helen M Bramlett
;
Thomas Sick
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
19.
The non-negative matrix factorization toolbox for biological data mining
机译：
用于生物数据挖掘的非负矩阵分解工具箱
作者：
Yifeng Li
;
Alioune Ngom
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
关键词：
Non-negative matrix factorization Clustering Bi-clustering Feature extraction Feature selection Classification Missing values;
20.
SVAw - a web-based application tool for automated surrogate variable analysis of gene expression studies
机译：
SVAw-基于网络的应用工具，用于基因表达研究的自动替代变量分析
作者：
Mehdi Pirooznia
;
Fayaz Seifuddin
;
Fernando S Goes
;
Jeffrey T Leek
;
Peter P Zandi
期刊名称：
《Source Code for Biology and Medicine》
|
2013年第1期
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