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Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09

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1.RNA Secondary Structure Prediction in the Presence of Single-Stranded Binding Proteins

机译：单链结合蛋白存在下的RNA二级结构预测。
- 作者：Forties R.A.;Bundschuh R.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
2.Computation of Putative Targets for Human and Mouse snoRNAs, Responsible for Prader-Willi Syndrome

机译：人和小鼠snoRNA的推定靶标，负责普拉德-威利综合症的计算。
- 作者：Prakash A.;Rearick D.;Shepard S.;Fedorov A.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- HBII-85;
- Prader-Willi Syndrome;
- snoRNA;
- snoRNA targets;
3.The Evolution of Multidrug Resistance in a Hospital Pathogen

机译：医院病原菌多药耐药性的演变
- 作者：Adams M.D.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- comparative genomics;
- evolution;
- genome sequence;
- multidrug resistance;
4.HIV Evolution: Fast or Slow?

机译：HIV演变：快还是慢？
- 作者：Piontkivska H.;Paul S.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- HIV-1;
- cytotoxic T-lymphocyte epitopes;
- data mining;
- human immunodeficiency virus;
- purifying selection;
5.Title Page i

机译：标题页
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
6.Title Page iii

机译：标题页iii
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
7.Discovery of Regulatory Networks in Plants by Linking Promoter and Transcription Factor Databases

机译：通过链接启动子和转录因子数据库发现植物中的调控网络
- 作者：Yilmaz A.;Davuluri R.;Palaniswamy S.;Grotewold E.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Transcription factor;
- cis-regulatory element;
- gene regulatory network;
- plant biology;
- promoter;
8.Comparative Assessment of DNA Assemblers for Assembling Expressed Sequence Tags

机译：DNA组装器组装表达序列标签的比较评估
- 作者：Min X.J.;Butler G.;Storms R.;Tsang A.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- EST;
- alternative splicing;
- assembler;
- transcript;
9.A Comparision of Codon Usage Trends in Prokaryotes

机译：原核生物密码子使用趋势的比较。
- 作者：Hanes A.;Raymer M.L.;Doom T.E.;Krane D.E.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- SCCI;
- codon usage bias;
- obligate intracellular organism;
- prokaryote;
10.Perceived Cost of Auxotrophic Amino Acids in Two Bacterial Species

机译：两种细菌中营养缺陷型氨基酸的感知成本
- 作者：Heizer E.M.;Raiford D.W.;Raymer M.L.;Krane D.E.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- auxotrophy;
- bacteria;
- biosyntheist;
- perceived cost;
11.Binary Classification Based on Potentials

机译：基于电位的二元分类
- 作者：Boczko E.M.;Di Lullo A.;Young T.R.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Machine Learning;
- Microarray Data;
12.Quantile Scores for Combining Results from Different Microarray Platforms

机译：来自不同微阵列平台的结果结合的分位数得分
- 作者：Khuder S.A.;Bazeley P.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- gene expression;
- microarray;
- normal;
- pooling;
- quantiles;
13.Visualization and Functional Analysis of Genome-Wide Association Results

机译：全基因组关联结果的可视化和功能分析
- 作者：Narayanan K.;Jing Li
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Functional analaysis;
- Genome-wide association studies;
- Visualization;
14.Comparison of Label Free and 18 O Labeling Mass Spectrometry in Relative Protein Quantification

机译：无标记和18 O标记质谱在相对蛋白质定量中的比较
- 作者：Chao Yuan;Rana G.S.J.B.;Chang J.;Ewing R.M.;Chance M.R.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- label free;
- mass spectrometry;
- proteomics;
- quantitation;
- stable isotope labeling;
15.A New Method for Mapping Short DNA Sequencing Reads by Using Quality Scores

机译：利用质量得分映射短DNA测序读数的新方法
- 作者：Ozer H.G.;Camerlengo T.;Huang T.;Kun Huang
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- quality score;
- short DNA sequencing;
- short sequence mapping;
16.Computational Challenges and Solutions to the Analysis of Micro RNA Profiles in Virally-Infected Cells Derived by Massively Parallel Sequencing

机译：大规模并行测序衍生的病毒感染细胞中微RNA谱分析的计算挑战和解决方案
- 作者：Camerlengo T.;Ozer G.;Kun Huang;Guojuan Zhang;Trgovcich J.;Joober T.;Meulia T.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- alignmen;
- deep sequencing;
- expression profiling;
- microRNA;
- regulatory small RNAs;
17.TIGERA: A New Tool for Illumina Gene Expression Reads Analysis

机译：TIGERA：Illumina基因表达读取分析的新工具
- 作者：Xiaodong Bai;Grewal P.S.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Illumina DGE tag profiling;
- TIGERA;
- differential gene expression;
- perl program;
18.Identification of a Breast Cancer Associated Regulatory Network

机译：乳腺癌相关监管网络的确定
- 作者：Parvin J.D.;Kais Z.;Arora M.;Kotian S.;Zha A.;Ransburgh D.;Bozdag D.;Catalyurek U.;Kun Huang
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- BRCA1;
- BRCA2;
- breast cancer;
19.Uncovering Androgen Responsive Regulatory Networks in Prostate Cancer

机译：在前列腺癌中发现雄激素反应性调控网络
- 作者：Eisermann K.;Bazarov A.;Brett A.;Knapp E.;Piontkivska H.;Fraizer G.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- AR;
- EGR1;
- SP1;
- WT1;
- evolutionary conservation;
- transcription factor binding site;
20.Comparison of Binary Classification Based on Signed Distance Functions with Support Vector Machines

机译：基于符号距离函数的二元分类与支持向量机的比较
- 作者：Boczko E.M.;Minhui Xie;Di Wu;Young T.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Machine Learning;
- Microarray Data;
21.Modeling Genetic and Environmental Factors in Biological Systems Using Structural Equation Modeling: An Application to Energy Balance

机译：使用结构方程模型对生物系统中的遗传和环境因素进行建模：在能量平衡中的应用
- 作者：Nock N.L.;Li Li;Elston R.C.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- FTO;
- LEPR;
- biological systems;
- obesity;
- structural equation modeling;
22.xIP-seq Platform: An Integrative Framework for High-Throughput Sequencing Data Analysis

机译：xIP-seq平台：高通量测序数据分析的集成框架
- 作者：Xin Wang;Mingxiang Teng;Guohua Wang;Yuming Zhao;Xu Han;Weixing Feng;Lang Li;Sanford J.;Yunlong Liu
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- GenePattern;
- bioinformatics;
- module;
- next generation sequencing;
- pipeline;
- sequencing;
23.Understanding Sequence Variability of RNA Motifs Using Geometric Search and IsoDiscrepancy Matrices

机译：使用几何搜索和等差矩阵了解RNA母题的序列变异性
- 作者：Petrov A.I.;Stombaugh J.;Zirbel C.L.;Leontis N.B.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Find RNA 3D (FR3D);
- IsoDiscrepancy Index (IDI);
- RNA 3D Motif;
- RNA Base-Phosphate Interactions (BPh);
- RNA Basepairs;
24.Beyond Identity- When Classical Homology Searching Fails, Why, and What you Can do About It

机译：超越身份-当经典同源性搜索失败，原因以及如何处理时
- 作者：Ray W.C.;Ozer H.G.;Armbruster D.W.;Daniels C.J.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- alignments;
- homology;
- modeling;
- searching;
25.Construction of Genomic Regulatory Encyclopedias: Strategies and Case Studies

机译：基因组管理百科全书的构建：策略和案例研究
- 作者：Lichtenberg J.;Alam M.;Bitterman T.;Drews F.;Ecker K.;Elnitski L.;Evans S.;Geisler M.;Grotewold E.;Dazhang Gu;Jacox E.;Kurz K.;Lee S.S.;Xiaoyu Liang;Majmudar P.M.;Morris P.;Nelson C.;Stockinger E.;Welch J.D.;Wyatt S.;Yilmaz A.;Welch L.R.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
26.Parallel Approaches for SWAMP Sequence Alignment

机译：SWAMP序列比对的并行方法
- 作者：Steinfadt S.;Schaffer K.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Cell Processor;
- FPGAs;
- GPGPUs;
- associative SIMD;
- parallel computing;
- sequence alignment;
27.Comparative Analysis of Modularity in Biological Systems

机译：生物系统模块化的比较分析
- 作者：Xin Li;Erten S.;Bebek G.;Koyuturk M.;Li J.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- biological networks;
- modularity;
- phylogenetic analysis;
28.Improving Functional Module Detection

机译：改善功能模块检测
- 作者：Abraham K.J.;Sameith K.;Falciani F.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
29.SNP-SNP Interactions between dNTP Supply Enzymes and Mismatch DNA Repair in Breast Cancer

机译：dNTP供应酶与乳腺癌错配DNA修复之间的SNP-SNP相互作用
- 作者：Feng I.J.;Radivoyevitch T.
- 会议名称：《Bioinformatics, 2009. OCCBIO '09》 | 2009年
- Breast Cancer;
- CGEMS;
- DNA mismatch repair;
- SNP;
- SNP interactions;
- dNTP pool imbalance;