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首届中国计算蛋白质组学研讨会

召开年：2010
召开地：北京
出版时间： 2010-11-10

主办单位：;中国科学院计算技术研究所;;中国人类蛋白质组学会;;北京蛋白质组研究中心徐平实验室;;

会议文集：首届中国计算蛋白质组学研讨会论文集

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1.电子转运裂解质谱特征及其在蛋白质鉴定中的应用
- 孙瑞祥
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：“As we move forward, I predict newer search engines built around ETD fragmentation patterns, rather than adapted from a CAD point of view, will further improve ETD performance." ETcaD: H atom loss or gain c-type ions can lose a H atom to become c·-type, while z'-type fragments gain the H atom to generate z-type ions.“However, the database search algorithms we used OMSSA) had difficulty with the 1-Da ambiguity of many newly generated fragment ions. I predict that with further development this search algorithm issue will likely be resolved, and we can expect the ETcaD method to offer excellent performance across a very broad precursor m/z range."
2.基于相关谱图对的非限制性修饰检测
- 付岩
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：Complexity of life#protein isoforms#genes This is in large part due to posttranslational modifications of proteins that provide covalent alterations to protein backbones and side chains that increase proteome complexities.MS-based proteomic analysis of PTM Wilkins MR,Gasteiger E,Gooley AA,Herbert BR,Molloy MP,Binz PA,Ou K,Sanchez JC,Bairoch A,Williams KL et al:High-throughput mass spectrometric discovery of protein post-translational modifications.J Mol Biol1999,289(3):645-657.
3.从新一代测序技术的基因组学到基于质谱仪的蛋白质组学华大基因的生物信息学
- ZHANG Yong
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：文章介绍了华大的生物信息学研究：从新一代测序技术的基因组学到基于质谱仪的蛋白质组学。指出高精准、海量的数据是基础，高效能的大型计算机是保障，自由交流的氛围保证了员工的快速成长。
4.利用基于肽段计数的无标记定量技术揭示线粒体蛋白质组的功能特性
- 邓宁
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：Overview of Mitochondria Subcellular organelle with four functionally distinct sub-compartments:Outer membrane Inner membrane Matrix Intermembrane space Produces adenosine triphosphate(ATP),the energycurrency of the cell.Regulates programmed cell death(apoptosis).Mitochondrion:A busy Society of ProteomeOverview of Mitochondria Subcellular organelle with four functionally distinct sub-compartments:Outer membrane Inner membrane Matrix Intermembrane space Produces adenosine triphosphate(ATP),the energycurrency of the cell.Regulates programmed cell death(apoptosis).
5.冷冻电镜中的计算方法：图像处理与三维重构
- 张法
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：本文介绍了冷冻电镜三维重构(CryoEM)技术及其面临的颗粒图像信噪比极低、三维重构计算时间极其漫长、急需新的重构算法等问题，并指出了未来的研究趋势。
6.CHAMPS:Complete Homology Assisted MS Protein Sequencing
- Bin Ma
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：文章介绍了最常见的肽鉴定的两个方式以及序列库不准确时的问题。面对不准确或者同源的数据库，进行蛋白质测序时，针对多酶切形成重叠肽序列，应分别测序后拼接，同源搜索，得到同源蛋白序列，和拼接位置，根据最小化同源错误和测序错误的原则重构蛋白序列。
7.The urinary protein biomarker database
- 邵晨
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：尿蛋白作为疾病标志物来源，可无创、大量地获得，可直接反映肾脏、膀胱等泌尿系统的变化，能够在一定程度上反映血液的变化,因此也可以用来研究全身系统性的疾病。然而尿蛋白标志物蛋白质组实验的重复性很低，绝大部分标志物都只被鉴定一次，可信度不高。随着质谱技术和蛋白质组学方法的发展，数据会被逐渐更新，分析的结果也会随之产生变化，这种利用数据库研究生物标志物特异性的方法，利用数据库研究疾病关联的生物过程的方法将保持着生命力。未来可以在大样本集上验证候选标志物的特异性和灵敏度，计算表达量随病程变化的曲线，制定诊断的标准。
8.信号通路分析辅助的功能蛋白组学研究策略
- 王通
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：Scientific questions mentioned in this talk：HIV associated neurodegenerative disorders(HAND)，HIV associated malignancy(HAM)，Infecfion and cancer.How do HIV virions enter CNS and cause neuronal damage?HIV associated inflammation and Cancer microenvironment.Unintegrated HIV DNA in macrophages canrelease inflammator viral and host cellproducts, thus co-activating bystandernormal tissue cells. This inter-cellularcrosstalk generates a microenvironmentthat is relevant to cancer progression.
9.核心岩藻糖化蛋白质特异性发掘的系统解决方案
- 应万涛;钱小红
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：对糖肽富集、质谱采集、图谱软件解析进行优化，实现对核心岩藻糖化蛋白的大规模精确鉴定，建立同期最大规模核心岩藻糖化蛋白及位点数据集。通过统计分析，揭示了核心岩藻糖化糖肤在离子阱型质谱中的行为，为其碎裂规律研究提供基础数据集，并为在其它类型质谱中的研究提供了方法学及结果解析参照。核心岩藻糖化蛋白质的规模化分析，归功于化学、生物学及信息学的有机整合。
10.Proteins as molecular fossils
- Hong-yu Zhang
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：文章介绍了前寒武的胚胎化石、翼龙的胚胎化石、鸟的胚胎化石、提塔利克鱼背面腹面半甲齿龟、以及银杏的演化历程，对其蛋白质分子结构进行分析。
11.稳定同位素代谢标记与总体蛋白质动力学的数据处理平台
- 关慎恒
- 《首届中国计算蛋白质组学研讨会》 | 2010年
摘要：本文测量了小鼠组织中的1000多个蛋白的代谢常数，建立了复杂生物体系蛋白代谢周转组动力学的试验和信息处理平台，本平台可以用来处理无标定量，SILAC,氢氖交换实验数据。