Dans les années 1970, l'arrivée en force du cladisme a bousculé les vieilles idées en matière de construction phylogénétique. Pour les cladistes, seul le partage des caractères évolués entre espèces permet de retracer l'histoire du développement des êtres vivants. Leurs modèles impliquent une généalogie économique : l'arbre des cladistes est en effet l'arbre le plus court, celui qui comporte le plus petit nombre de pas évolutifs. Contrairement à ce que prétendent ses détracteurs, l'efficacité de cette théorie est désormais testable.
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