ANALYZING THE DATA BANK OF PROTEINS SPACE STRUCTURES (PDB): A GEOMETRICAL APPROACH

E. A. Vilkul; A. O. Ivanov; A. S. Mishchenko; Th. Yu. Popelenskii; A. A. Tuzhilin; K. V. Shaytan

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ANALYZING THE DATA BANK OF PROTEINS SPACE STRUCTURES (PDB): A GEOMETRICAL APPROACH

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A geometrical approach to the analysis of a data bank containing information on space structures of proteins is suggested. As a result of the analysis, several relationships concerning possible conformations are found, and also there is obtained a list of polypeptides whose structures differ essentially from typical concepts of the 3D-structure of proteins. Those deviations could indicate possible errors and gaps of the interpreting models in use, as well as some new unknown relations and rules.

机译：建议使用几何方法分析包含蛋白质空间结构信息的数据库。分析的结果是，发现了与可能的构象有关的几种关系，并且还获得了其结构与蛋白质的3D结构的典型概念本质上不同的多肽列表。这些偏差可能表明使用的解释模型可能存在错误和差距，以及一些新的未知关系和规则。

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来源
《Journal of Mathematical Sciences》 |2017年第4期|555-564|共10页
作者
E. A. Vilkul; A. O. Ivanov; A. S. Mishchenko; Th. Yu. Popelenskii; A. A. Tuzhilin; K. V. Shaytan;
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作者单位

Department of Probability Theory, Faculty of Mechanics and Mathematics,Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia;

Department of Differential Geometry and Applications, Faculty of Mechanics and Mathematics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia,Department of Mathematical Modeling, Bauman Moscow Technical State University, Moscow, Russia;

Department of High Geometry and Topology, Faculty of Mechanics and Mathematics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia;

Department of Differential Geometry and Applications, Faculty of Mechanics and Mathematics,Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia;

Department of Differential Geometry and Applications, Faculty of Mechanics and Mathematics, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia;

Department of Bioengineering, Biological Faculty, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia;

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