Opti-SW: An improved gene sequence alignment algorithm

摘要

Cet article vise à améliorer la vitesse et la complexité de l'algorithme Smith-Waterman (SW). A cet effet, l'algorithme SW a été amélioré en réduisant la complexité et la charge de travail du calcul de la matrice de scoring sans sacrifier la précision de l'alignement. Ensuite, l'algorithme optimisé, noté Opti-SW, a été vérifié par des expérimentations. Les résultats montrent que l Opti-SW se caractérise par une faible complexité temporelle, une vitesse de calcul rapide et une charge de calcul légère. Les résultats de la recherche ont jeté un nouvel éclairage sur la recherche dans la base de données des séquences de gènes.%This paper aims to improve the speed and complexity of Smith-Waterman (SW) algorithm. For this purpose, the SW algorithm was improved by reducing the complexity and task load of the computation of the scoring matrix without sacrificing the alignment accuracy. Then, the optimized algorithm, denoted as the Opti-SW, was verified through experiment. The results show that the Opti-SW boasts low time complexity, fast computing speed and light computing load. The research findings shed new light on the database search for gene sequences.