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Accelerating virtual high-throughput ligand docking: current technology and case study on a petascale supercomputer

机译:加速虚拟高通量配体对接:petascale超级计算机的当前技术和案例研究

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摘要

In this paper, we give the current state of high-throughput virtual screening. We describe a case study of usingrna task-parallel Message Passing Interface version of AutoDock4 to run a virtual high-throughput screen ofrnone million compounds on the Jaguar Cray XK6 Supercomputer at Oak Ridge National Laboratory. We includerna description of scripts developed to increase the efficiency of the predocking file preparation andrnpostdocking analysis. A detailed tutorial, scripts, and source code for this Message Passing Interface versionrnof AutoDock4 are available online at http://www.bio.utk.edu/baudrylab/autodockmpi.htm.
机译:在本文中,我们给出了高通量虚拟筛选的现状。我们描述了一个使用AutoDock4的任务并行消息传递接口版本来在橡树岭国家实验室的Jaguar Cray XK6超级计算机上运行一百万个化合物的虚拟高通量屏幕的案例研究。我们包括对脚本的描述,这些脚本是为提高对接前文件准备和对接后分析的效率而开发的。有关此消息传递接口版本rnof AutoDock4的详细教程,脚本和源代码,可从http://www.bio.utk.edu/baudrylab/autodockmpi.htm在线获得。

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