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Genome-wide association studies pipeline (GWASpi): a desktop application for genome-wide SNP analysis and management

机译:全基因组关联研究管道(GWASpi):用于全基因组SNP分析和管理的桌面应用程序

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摘要

Motivation: Genome-wide association studies (GWAS) based on single nucleotide polymorphism (SNP) arrays are the most widely used approach to detect loci associated to human traits. Due to the complexity of the methods and software packages available, each with its particular format requiring intricate management workflows, the analysis of GWAS usually confronts scientists with steep learning curves. Indeed, the wide variety of tools makes the parsing and manipulation of data the most time consuming and error prone part of a study. To help resolve these issues, we present GWASpi, a user-friendly, multiplatform, desktop-able application for the management and analysis of GWAS data, with a novel approach on database technologies to leverage the most out of commonly available desktop hardware. GWASpi aims to be a start-to-finish GWAS management application, from raw data to results, containing the most common analysis tools. As a result, GWASpi is easy to use and reduces in up to two orders of magnitude the time needed to perform the fundamental steps of a GWAS.
机译:动机:基于单核苷酸多态性(SNP)阵列的全基因组关联研究(GWAS)是检测与人类性状相关的基因座的最广泛使用的方法。由于可用的方法和软件包的复杂性,每种方法和软件包都有其特定的格式,需要复杂的管理工作流程,因此对GWAS的分析通常面临着陡峭的学习曲线。确实,各种各样的工具使数据的解析和处理成为研究中最耗时且容易出错的部分。为了帮助解决这些问题,我们介绍了GWASpi,这是一种用户友好的,多平台,可桌面的应用程序,用于管理和分析GWAS数据,并提供了一种新颖的数据库技术方法,可以充分利用大多数常用的桌面硬件。 GWASpi旨在成为一个从原始数据到结果的GWAS管理应用程序,从头到尾完成,其中包含最常用的分析工具。结果,GWASpi易于使用,并且将执行GWAS基本步骤所需的时间减少了两个数量级。

著录项

  • 来源
    《Bioinformatics》 |2011年第13期|p.1871-1872|共2页
  • 作者

    Arcadi Navarro;

  • 作者单位
  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
  • 关键词

  • 入库时间 2022-08-18 01:12:41

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