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Extending MapMan: application to legume genome arrays

机译:扩展MapMan:应用于豆类基因组阵列

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摘要

Motivation: Based on a gene classification into hierarchical categories ('BINs'), MapMan was originally developed to display Arabidopsis thaliana gene expression in a functional context. We have created a bioinformatics system to extend MapMan to any organism by using a new BIN structure based on the KEGG database. Gene sequences are assigned to this ontology by homology relationships in four reference databases: KEGG, COG, Swiss-Prot and Gene Ontology. We applied this system to tailor MapMan to the GeneChips of two model legumes, Glycine max and Medicago truncatula. We also developed a module to identify the most relevant pathways involved.
机译:动机:基于将基因分类为分层类别('BINs')的方法,MapMan最初被开发为在功能范围内显示拟南芥基因表达。我们已经创建了一个生物信息系统,通过使用基于KEGG数据库的新BIN结构,将MapMan扩展到任何生物。基因序列在四个参考数据库中通过同源关系分配给该本体:KEGG,COG,Swiss-Prot和Gene Ontology。我们应用此系统将MapMan定制为两种模型豆科植物Glycine max和Medicago truncatula的GeneChips。我们还开发了一个模块,以识别涉及的最相关途径。

著录项

  • 来源
    《Bioinformatics》 |2006年第23期|p. 2958-2959|共2页
  • 作者

    Goffard N; Weiller G;

  • 作者单位

    Australian Natl Univ, ARC Ctr Excellence Integrat Legume Res, Genom Interact Grp, Res Sch Biol Sci, Canberra, ACT 2601, Australia;

    Australian Natl Univ, Bioinformat Lab, Genom Interact Grp, Res Sch Biol Sci, Canberra, ACT 2601, Australia;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物科学;
  • 关键词

    TOOL; DISPLAY; ALLOW;

    机译:工具;显示;允许;
  • 入库时间 2022-08-17 23:49:54

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