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Faster Algorithms for Computing the R* Consensus Tree

机译:计算R *共识树的更快算法

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摘要

The fastest known algorithms for computing the R* consensus tree of k rooted phylogenetic trees with n leaves each and identical leaf label sets run in time when (Jansson and Sung in Algorithmica 66(2):329-345, 2013) and time when (Bryant in Bioconsensus, volume 61 of DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science. American Mathematical Society, pp 163-184, 2003). This paper shows how to compute it in time for time for , and time for unbounded k.
机译:最快的已知算法是计算k个根系发育树的R *共识树,每个树有n个叶子,并且相同的叶子标签集在(Jansson和Sung in Algorithmica 66(2):329-345,2013)的时间运行,而( 《生物共识中的科比》,《离散数学和理论计算机科学》中DIMACS系列的第61卷,美国数学学会,第163-184页,2003年。本文说明了如何及时计算,时间为,时间为无界k。

著录项

  • 来源
    《Algorithmica》 |2016年第4期|1224-1244|共21页
  • 作者单位

    Kyoto Univ, Inst Chem Res, Lab Math Bioinformat, Uji, Kyoto 6110011, Japan;

    Natl Univ Singapore, Sch Comp, 13 Comp Dr, Singapore 117417, Singapore|Genome Inst Singapore, 60 Biopolis St, Singapore 138672, Singapore;

    Univ Minnesota Twin Cities, Dept Comp Sci & Engn, Minneapolis, MN USA;

    Univ Hong Kong, Dept Comp Sci, Pokfulam Rd, Pokfulam, Hong Kong, Peoples R China;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《工程索引》(EI);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
  • 关键词

    Phylogenetic tree; R* consensus tree; Triplet; Strong cluster; Apresjan cluster;

    机译:系统发育树;R *共识树;Triplet;强簇;Apresjan簇;

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