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Chromatin immunoprecipitation and deep sequencing in Xenopus tropicalis and Xenopus laevis

机译:热带非洲爪蟾和非洲爪蟾的染色质免疫沉淀和深度测序

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摘要

Chromatin immunoprecipitation and deep sequencing (ChIP-SEQ) represents a powerful tool for identifying the genomic targets of transcription factors, chromatin remodeling factors, and histone modifications. The frogs Xenopus laevis and Xenopus tropicalis have historically been outstanding model systems for embryology and cell biology, with emerging utility as highly accessible embryos for genome-wide studies. Here we focus on the particular strengths and limitations of Xenopus cell biology and genomics as they apply to ChIP-SEQ, and outline a methodology for ChIP-SEQ in both species, providing detailed strategies for sample preparation, antibody selection, quality control, sequencing library preparation, and basic analysis.
机译:染色质免疫沉淀和深度测序(ChIP-SEQ)代表了一种强大的工具,可用于识别转录因子,染色质重塑因子和组蛋白修饰的基因组靶标。青蛙非洲爪蟾(Xenopus laevis)和热带爪蟾(Xenopustropicis)在历史上一直是杰出的胚胎学和细胞生物学模型系统,并逐渐成为可用于全基因组研究的胚胎。在此,我们将重点讨论爪蟾细胞生物学和基因组学在应用于ChIP-SEQ时的特殊优势和局限性,并概述两种物种中ChIP-SEQ的方法,为样品制备,抗体选择,质量控制,测序文库提供详细策略准备和基本分析。

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