乳腺导管原位癌浸润性进展相关基因的生物信息学研究

摘要

目的 筛选介导乳腺导管原位癌(DCIS)浸润性进展的相关基因.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片(GEO)数据库下载含正常乳腺(NC)、DCIS和微小浸润乳腺癌(IBC)这3种类型样本的基因芯片;使用R软件包limma分析IBC与DCIS、DCIS与NC之间的差异表达基因;使用STEM软件对上述两组差异表达基因进行趋势分析,筛选出随着NC-DCIS-IBC的趋势表达水平逐渐变化的基因;对筛选出的差异表达的基因进行KEGG信号通路富集分析.结果 通过对差异基因的趋势分析,筛选出12个随着NC-DCIS-IBC的趋势表达显著下调的基因,以及10个显著上调的基因,其中运动神经元和胰腺同源盒1(MNX1)、基质金属蛋白酶1(MMP-1)可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因.信号通路富集分析结果显示,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、黏附和细胞外基质/受体相互作用3个信号通路分子异常在DCIS发生及浸润性进展中均存在显著异常调控.结论 MNX1、MMP-1可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因,PI3K/AKT信号通路可能参与介导MNX1/MMP-1促进DCIS浸润性进展.