加权基因共表达网络分析探索种植体周围炎中的功能基因模块

摘要

目的 本研究基于种植体周围炎软组织RNA-seq全转录组数据,通过WGCNA识别种植体周围炎相关的基因模块和关键基因.方法 首先采集种植体周围患者(PI)和健康人(HI)的牙龈组织进行二代高通量测序,测序数据进行差异基因分析,构建权重基因共表达网络,筛选关键基因模块.随后,以Hallmarks基因集为来源,利用基因富集分析进一步揭示PI的关键基因模块的关键生物学过程或信号通路.结果 差异基因分析筛选出5236个差异表达基因(PI:HI:上调:172个/下调:5064个).WGCNA分析得到11个功能模块,其中紫、绿、红3个模块作关键模块.紫色模块Hub基因主要富集在IL2-STAT信号通路、NF-κB/TNFα 信号通路和血管生成信号通路上.绿色模块Hub基因主要富集在Hedgehog信号通路、Wntβ-Catenin信号通路、IL2-STAT 5信号通路上.红色模块Hub基因主要富集在过氧化物酶生成、IL2 STAT 5信号通路和上皮间充质转化过程中.结论 本研究基于二代测序技术,通过WGCNA鉴定出与种植体周围炎相关的基因功能模块,这些模块及其富集到的相关生物学过程和信号通路可能代表疾病的主要特征和关键机制,为进一步全面揭示PI机制和治疗提供新的思路.