猫科动物冠状病毒感染情况调查及其基因的进化分析

摘要

为了解冠状病毒在猫科动物的感染情况,对采自上海某动物园的猫科动物144份样品进行检测,并对获得的阳性样品进行扩增和测序.结果显示:SARS-CoV-2荧光RT-PCR检测全部为阴性;FCoV荧光RT-PCR检测阳性3份.测序结果显示,检测到FCoV的ORF3、ORF7和S基因均呈遗传多样性,序列存在很大的个体间差异.3a、3b和3c基因主要表现为氨基酸突变.7a基因在第9位(F)、12位(V)和47位(S)均未发生氨基酸替换.它们均具有完整的7 b基因.S基因的S1/S2裂解位点处有连续的R-R-S/A-R-R-S序列模体,符合FECV裂解位点的氨基酸序列特征.在第1045位(M)、1047位(S)和1108位(D)均没有发生氨基酸的完全替换.上述结果显示,这3株病毒均为致病性低的FECV.基于ORF3c和S2基因的遗传进化树显示,SH1951与SH2003和SH2004处于同一分支,与血清型Ⅰ型毒株的亲缘关系最近;而基于ORF7b基因的进化树显示,SH1951与SH2003和SH2004处于不同的遗传进化分支,表明它们之间的亲缘关系较远.因此,需要加强对野猫的管理与监测,防止野猫携带的FECV或其他病毒传染给豹猫.