一种新的序列集保守信号识别算法

摘要

模体发现是计算机科学中的一个较为重要且具有一定挑战的问题，主要用于定位DNA序列集中的保守信号。首先，分析了已有的基于图聚类的模体发现算法MCL-WMR，讨论了它存在的两个缺陷。其次，针对这两个缺陷提出了MCL-WMR的改进算法iMCL-WMR。实验结果表明，所提DNA模体发现算法的时间性能好于所比较的算法MCL-WMR和qPMS9，能够在1个小时以内处理数百条输入序列，而且能够应对某些输入序列不含模体实例的测试数据。