食管鳞癌发生发展相关miRNA的筛选及其靶向mRNA生物学功能分析

摘要

目的 筛选食管鳞癌发生发展相关的miRNA及其靶向mRNA,并对靶向mRNA进行生物学功能分析.方法 从GEO数据库下载两张食管鳞癌组织芯片(GSE75241、GSE114110),通过R语言limma函数包筛选两张芯片差异表达的mRNA和miRNA.利用FunRich3.1.3软件预测差异表达miRNA调控的靶基因,接着利用Cytoscape-v3.1.1软件构建差异表达miRNA-mRNA调控网络图,并且筛选出节点度4～8的miRNA.最后利用DAVID在线工具对miRNA-mRNA调控网络中的mRNAs进行生物学功能与信号通路分析.结果 与正常食管黏膜上皮组织相比,在食管鳞癌组织样品中筛选出114个差异表达miRNAs,其中42个表达下调、72个表达上调;另外筛选出224个差异表达mRNAs,124个表达上调、100个表达下调.miRNA-mRNA调控网络包括66个miRNA-mRNA关系对,其中具有较高节点度的miRNA为hsa-miR-92b-3p、hsa-miR-195-5p、hsa-miR-143-3p,mRNA为HAS2、ITGA6、COL1A1等.miRNA-mRNA调控网络中mRNAs主要富集在细胞外基质、成骨作用、维生素应答、血小板α颗粒等基因本体功能,参与ECM-受体相互作用、黏着斑、PI3K-Akt、TGF-β等多条通路.结论 食管鳞癌发生发展相关miRNA有hsa-miR-195-5p、hsa-miR-143-3p、hsa-miR-31-5p、hsa-miR-127-3p,靶向mRNA主要有细胞外基质、成骨作用等生物学功能,参与的信号通路有ECM-受体相互作用、黏着斑、PI3K-Akt、TGF-β等通路.