用分子模拟的方法研究无乳链球菌GlnR因子与DNA的相互作用

摘要

为了研究无乳链球菌的致病机理,将同源建模所得的无乳链球菌GlnR因子三维结构用Gromacs软件进行动力学模拟,优化得到更合理的结构.将已知GlnR蛋白的识别DNA序列与该优化结构进行对接,先用Autodock软件将16组二核苷酸与GlnR因子进行分子对接,得到R27、R47、H70等结合位点,再用3D-DART获得预处理的DNA双链,用Haddock结合实验数据与Autodock对接结果进行半柔性对接,得到DNA与GlnR因子的复合物结构.综上结果发现GlnR因子与DNA的相互作用主要发生在I15、R27、R47、H70这四个残基的周围,这四个位置附近氨基酸的改变会影响它们之间的相互作用.