浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

摘要

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16S rRNA基因片段序列,得到大约620 bp的扩增产物.将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468 bp可供比对分析的片段.比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变.PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98 %的个体为其中一种单倍型,只有2 %的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低.两个单倍型平均碱基组成为:T 22.0 %,C 26.3 %,A 29.8 %,G 21.9 %,GC含量平均为48.2 %.与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点.聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符.