从迟缓爱德华氏菌fosmid文库克隆编码寡肽透过酶的opp基因簇

摘要

从迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)LSE40 fosmid文库克隆到编码寡肽透过酶的opp基因簇.该基因簇全长6 741 bp,含有5个ORF,依次编码OppA-B-C-D-F 5个蛋白;位于oppA翻译起始位点上游385bp处有一个推测的转录起始位点,在该转录起点的-35和-10区分别有TAGACA和TATATT两个特征性启动子序列;位于oppA和oppB的间隔区和oppF之后的非编码区各有一个茎环结构,推测分别为oppA和opp基因簇的转录终止子.氨基酸序列分析表明该基因簇编码的各个蛋白与同属细菌鲶鱼爱德华氏菌(E.ictaluri)对应的各个蛋白高度相似,相似性在96%～98%;与其他革兰氏阴性菌相似性在56%～89%;与革兰氏阳性菌的相似性在27%～53%.以细菌OppA的保守结构域SBP_bac_5构建系统发生树,结果显示E.tarda LSE40与同属细菌E.ictaluri的亲缘关系最近,与肠杆菌科细菌的亲缘关系较近,与革兰氏阳性细菌的亲缘关系较远,表明oppA的SBP_bac_5结构域可作为细菌分类鉴定的依据.opp基因簇的获取为深入了解E.tarda适应环境和宿主的生存机制奠定了基础.