基于cFDR的缺血性卒中与低密度脂蛋白胆固醇关联SNPs的识别

摘要

目的:探索与缺血性卒中(IS)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)相关联的新的单核苷酸多态性位点(SNPs)及多效性位点.方法:基于IS和LDL-C的全基因组关联研究(GWAS)数据,运用条件错误发现率(cFDR)法计算IS和LDL-C相关SNPs的cFDR及conjunction cFDR值,分层Q-Q图评估两者间多效性基因富集,条件曼哈顿图定位关联SNPs在基因组中的位置信息,并对鉴定出的基因进行GO富集分析.结果与结论:分层Q-Q图显示IS与LDL-C之间具有较高程度的多效性基因富集;cFDR＜ 0.05标准下,发现9个SNPs与IS有关联,其中7个为新发现SNPs;245个SNPs与LDL-C相关联,其中97个为新发现的SNPs;发现8个多效性SNPs,其中6个经鉴定为新发现;共注释在11个多效性基因上,其中8个为新发现基因.GO基因功能富集分析结果显示,大多数基因在脂蛋白代谢过程和胆固醇平衡通路上发挥作用.cFDR方法极大提高了遗传变异的发现,并可能获得关于IS和LDL-C之间未知的共享生物机制的新见解.