结肠正常黏膜和腺癌中差异表达基因的生物信息学分析

摘要

目的:系统地分析由SSH方法获得的结肠正常黏膜和腺癌的差异表达基因.方法:构建基于Linux的核酸自动分析平台,对用SSH方法获得的3个文库之一的T-N差减文库进行分析.用半定量RT-PCR对部分结果进行验证.结果:成功构建了基于Linux的核酸自动分析平台,得到了15个contigs,其中与已知基因相匹配的有13个(T-N),未与已知基因匹配或者意义未明的有2个;部分基因的半定量RT-PCR发现,人胸腺素β4(Homo Sapiens thymosin beta 4,THY)和人乙型肝炎病毒x抗原反式活化蛋白2(Homo Sapiens HbxAg transactivated protein 2,XTP)的表达从正常黏膜-腺癌有逐步增高的趋势.结论:构建基于Linux的核酸自动分析平台是系统分析核酸序列的有效方法,根据对3个文库的系统分析结果,为进一步阐明结肠肿瘤分子机制提供了许多有价值的信息.