乙型肝炎病毒B和C基因型S蛋白特异性CTL表位保守性分析

摘要

目的:分析国内流行乙型肝炎病毒(HBV)基因型S区基因编码蛋白的特异性CTL表位保守性,发现稳定且特异性的CTL表位.方法:设计HBV S基因特异性引物,克隆S基因并构建到pIRES载体;利用3种表位分析方法对HBV B和C基因型S区基因编码蛋白特异性CTL表位进行分析筛选,对候选CTL表位用BLAST搜索HBV蛋白库,分析候选CTL表位在HBV B和C基因型中的保守性.结果:成功克隆HBV S基因并构建真核表达载体;根据设定条件,利用生物信息学分析方法对S区基因编码蛋白进行分析共筛选到17个CTL表位,其中已经鉴定6个,未鉴定表位11个;保守性分析发现,在B和C基因型中具有较高保守性的有6个(>80％),均是未鉴定的表位,其余表位(包括6个已鉴定)的保守性较低.结论:国内流行HBV基因型间S区基因编码蛋白的特异性CTL表位存在较大差异性,共筛选到6个保守性较高的特异性CTL表位可用于进一步的免疫学研究.