强直性脊柱炎患者16号染色体区域遗传易感位点的大家系全基因组测序验证及筛选

摘要

[目的]前期家系GWAS非参数分析结果提示在16号染色体chr16:27836693-53825488,LOD=1.656.我们选择一个大的中国汉族强直性脊柱炎家系,采用全基因组外显子测序进一步验证和筛选该区的疾病易感基因位点.[方法]选取一个具有47个成员的5代中国汉族强直性脊柱炎大家系,其中先用家系中3名患者(1名男性,2名女性,分属3代)的基因组DNA进行外显子区高通量测序;对于初筛的外显子组测序后所得到的SNP位点进行全家系成员验证,并进行家系患者和非患者成员间比较,及与健康人群数据进行比较.[结果]通过对数据所进行的分析,发现在16号染色体强直性脊柱炎关联区域三个样本共有SNP 165个.对上述165个SNP进行初步筛选后,对其中的位于15个基因的29个SNP位点,在1个AS患者和1个非AS患者中进行初步验证,进而在上述关联区域内得到5个在家系AS患者和其他非AS患者间差异有显著性的SNP位点rs10163354、rs11863236、rs16945916、rs28654935和rs8043751(P＜ 0.05),位于ABCC 11基因.[结论]该家系研究提示在16号染色体区域的ABCC 11基因变异可能与AS易感性相关,值得扩大样本进一步研究.