不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉组织转录组测序分析

摘要

【目的】鉴定筛选出与罗氏沼虾生长性状相关的候选基因及信号通路,为揭示其生长发育的分子调控机制提供参考依据。【方法】以同一全同胞家系雌性罗氏沼虾中不同生长速度的个体为试验材料,采用Illumina HiSeqTM 2500进行转录组测序,经过滤、质控后利用Trinity进行拼接组装获得Unigenes,并在数据库(Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG)中进行功能注释,通过DESeq2进行快速生长组与慢速生长组间的差异表达基因(DEGs)分析,运用GOseq和KOBAS进行GO富集分析和KEGG通路分析,采用MISA进行SSR位点挖掘。【结果】罗氏沼虾肌肉组织转录组测序共计获得321706038条Raw reads,经过滤筛选得到310075274条Clean reads,拼接组装后得到38969条Unigenes;18160条(46.60%)Unigenes成功注释在Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG 8个数据库中。经DEGs分析,快速生长组与慢速生长组间共鉴定到DEGs 937个,其中上调表达基因235个,下调表达基因702个。937个DEGs分别富集到230个GO条目和21条KEGG信号通路中,包含氨基糖和核苷酸糖代谢(Amino sugar and nucleo-tide sugar metabolism)、糖酵解/糖质新生(Glycolysis/Gluconeogenesis)、氧化磷酸化(Oxidative phosphorylation)等信号通路。此外,在38969条Unigenes中共鉴定到22476个SSRs。【结论】不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉转录组测序分析共筛选出937个DEGs,主要富集在氨基糖和核苷酸糖代谢、糖酵解/糖质新生、氧化磷酸化等信号通路上,在罗氏沼虾的生长发育过程中发挥重要作用。