宁夏一株人呼吸道合胞病毒B亚型全基因组基因特征分析

摘要

目的了解2020年宁夏地区人群常见呼吸道病毒感染分布情况,对一株人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,HRSV)宁夏株进行全基因组测序,对其进行基因型别鉴定及基因进化分析。方法选取2020年宁夏新冠肺炎疫情期间具有呼吸道感染症状的480人作为研究对象,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real time reverse transcription polymerase chain reaction,real time RT-PCR)方法对甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)、呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒(PIV)Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、呼吸道腺病毒(RAdV)、人偏肺病毒(HMPV)等8种呼吸道病原进行检测。对筛选出的HRSV进行全基因组测序,测序结果经分子生物学软件拼接,与GenBank中相关代表株序列进行分子进化分析。结果检出呼吸道病毒51例,阳性率为10.6%,RSV检出率最高(4.0%)(19/480)。宁夏首株China/ningxia/2020-02的全基因组序列为15259 bp核苷酸,与RSV-A亚型原型株Long株的核苷酸同源性最低为80.9%,与RSV-B亚型原型株9320株的核苷酸同源性为96.0%,提示了宁夏首株HRSV为B亚型。G基因遗传进化树表明,该毒株与BA9基因型代表株聚集在同一分支上,划分为BA9基因型。结论新型冠状病毒肺炎流行期间,应加强呼吸道病毒的监测,对人呼吸道合胞病毒的全基因组测序研究,有必要连续监测本地区RSV亚型流行趋势,为预防和控制RSV感染提供指导,为筛选疫苗株提供参考。