基于癌症基因组图谱数据库的结直肠癌竞争性内源RNA网络的构建与分析

摘要

目的 探究基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库的结直肠癌竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络的构建,并分析其与结直肠癌预后相关性.方法 从TCGA数据库中下载结直肠腺癌组织样本基因表达谱数据,根据生物信息学方法处理原始数据,利用TCGA数据库筛选发现差异表达的长链非编码RNA(long non-cod-ing RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA),通过对差异表达的lncRNA和差异表达的miRNA的比对以及对差异miRNA靶基因的预测,建立三者联系,构建ceRNA网络.结果 共鉴定出1041个差异表达的lncRNA、278个差异表达的miRNA、4258个差异表达的mRNA;构建了由123个lncRNA、46个miRNA和73个mRNA组成的ceRNA网络;发现有6个lncRNA、7个miRNA、9个mRNA与结直肠癌的预后相关.功能富集结果显示,mRNA主要参与调节蛋白酶活性、蛋白裂解、化学物质传递、细胞周期等功能.结论 构建ceRNA网络为研究结直肠癌的发生、发展的调控机制提供了借鉴,与预后相关的lncRNA、miRNA、mRNA可能未来为结直肠癌提供分子诊断.