基于GEO数据库进行人类皮肤芯片核苷酸切除修复基因XPA表达的差异性

摘要

目的从系统水平平行分析碱基切除修复相关途径中的重要基因XPA在众多人类皮肤疾病中的差异表达情况．方法通过生物信息学的方法，利用ScanGEO工具对GEO数据库中59个皮肤或皮肤疾病样品相关的基因芯片数据从核苷酸切除修复途径进行平行比对，对XPA表达具有统计学意义的样本进行筛选和差异分析．结果在皮肤恶性黑色素瘤、表皮损伤模型、DNA损伤和紫外线辐射、包皮成纤维细胞对弓形体RH1型（ROP5）突变体感染的反应、白细胞介素-20亚族细胞因子对表皮角化细胞的影响、Egr-1对皮肤成纤维细胞体外过度表达的影响：时间过程、炎性树突状细胞的体外模型7个芯片样本中XPA的表达存在差异（＜0.05），一般呈现下调表达．结论基于GEO数据库和ScanGEO工具能够高效进行高通量共享数据的筛选和分析．