全基因组水平上基因家族分布及进化分析方法研究

摘要

随着众多植物基因组测序计划的相继完成,在全基因组水平上更加高效地解析基因家族进化机制迫在眉睫,本研究提供了1种适用于植物基因组水平检测基因家族分布及进化的计算机分析方法。本研究依据物种染色体长度、基因物理位置、候选基因Ks值等数据,结合三阶贝塞尔曲线算法,利用Python语言绘制基因染色体定位图,揭示基因间相似性及进化机制。为验证方法的实用性,本研究以亚洲棉DELLA基因家族为例进行了进化分析。结果显示在亚洲棉进化过程中GA05、GA02和GA13有明显的同源Cluster被鉴定;GA05染色体上的基因簇更活跃、变化更快;GA03基因簇发生了独立进化;GA02、GA13基因出现较晚,可能来源于GA05。本方法是1种实用的基因家族分析工具,适用于全基因组水平基因家族分布及进化分析。