锈毛莓叶绿体基因组特征分析

摘要

本研究对锈毛莓(Rubus reflexus Ker.)叶绿体基因组进行测序及组装,获得了全长为156247 bp,GC总含量为30.72%的核苷酸序列,注释出129个基因,其中16个基因有2个拷贝,9个基因有内含子;密码子使用偏好结果显示,自然选择对锈毛莓密码子使用偏好影响最大,其次是突变压力;系统发育结果显示,锈毛莓(R.reflexus)与黄脉莓(R.xanthoneurus)和高粱泡(R.lambertianus)亲缘关系较近;叶绿体基因组全长比较分析结果显示,锈毛莓与近缘物种之间的变异主要存在于基因间隔区;通过核苷酸多态性分析筛选出6个高变区,即rps16-trnQ-UUG、petN-psbM、trnT-UGU-trnL-UAA、petA-psbJ、rpl32-trnL-UAG及ycf1。研究结果揭示了锈毛莓叶绿体基因组特征及系统发育关系,为锈毛莓及悬钩子属的比较基因组学研究、物种鉴定及遗传改良提供参考依据,同时也为解决悬钩子属部分物种分类混乱问题提供了新的解决方案。