基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析

摘要

目的 研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性.方法 采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异.结果 草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高.但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义.结论 基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索.