基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法

摘要

目的 建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点进行分型.方法 基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型.选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3' 末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3' 末端第3或第4位碱基人为引入错配.在距离上游引物100～300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记.所有位点经过复合扩增后.PCR产物经ABI PrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型.结果 每个SNP位点纯合子为单一产物峰.杂合子则为长度不同的两个产物峰.不同的SNP位点扩增产物长度不同.根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致.结论 荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法.