鲟形目鱼类rDNA扩增及限制性位点分析

摘要

使用长PCR技术扩增鲟形目(Acipenseriformes)15个种的核糖体DNA(rDNA)18S rRNA基因与28S rRNA基因之间约2.5kb的片段,并用7个限制性内切酶对该片段进行限制性位点分析.结果显示,使用LA Taq DNA聚合酶及GC Buffer结合长PCR技术能够很好地扩增鲟形目鱼类的rDNA.根据酶切图谱可确定93个限制性位点,其中21个为保守位点,72个多态信息位点.HhaⅠ酶切的带型在所有个体中完全一致,提示这些位点对保持rDNA的功能有重要作用.一些酶的酶切产物长度之和大于扩增产物的长度,暗示鲟形目鱼类个体内存在多个rDNA等位基因.对种间遗传距离进行计算,并构建UPGMA分子系统树,发现鲟科鱼类的系统关系与以往研究有较大差别,这可能是受个体内rDNA等位基因存在的影响,说明用酶切片段来重建鲟科鱼类的系统树不太可靠.文中还讨论了高GC含量模板的PCR扩增和rDNA在鲟形目分子系统关系中的使用.