牦牛、犏牛、藏黄牛和普通牛HIOMT基因CDS序列的比较

摘要

褪黑激素(MLT)是调控动物季节性生殖等多种生物节律,具有复杂生理功能的一种吲哚类激素,羟基吲哚 氧 甲基转移酶(hydroxyindole-O-methyltransferase,HIOMT)是决定MLT合成波动模式的重要酶之一.采用RT PCR法克隆并分析了牦牛、犏牛和藏黄牛HIOMT基因的CDS序列.牦牛该基因序列连续缺失123 bp,通过与普通牛基因组序列比对,该缺失片断位于HIOMT基因7个外显子中的第6外显子.由于克隆所得牦牛基因组DNA相应序列未缺失上述片断,推定所获得的牦牛HIOMT基因CDS序列属可变剪接体;克隆犏牛HIOMT基因获得长、短两条件序列,长序列与藏黄牛、普通牛该序列相似,短序列与牦牛相似,但尚不能确定这两条序列各自来自父本还是母本;与普通牛HIOMT基因比较,牦牛、犏牛和藏黄牛分别有11、13(长序列17)和11个变异位点,且位于密码子第1、2位点的变异分别为4、6(7)和4个,均为非同义突变,所有非同义突变只有1处由密码子第3位变异引起,这些突变可能通过影响蛋白结构进而影响其生物学功能.还预测了牦牛、犏牛、藏黄牛和普通牛HIOMT蛋白相对分子量、理论等电点、疏水性、跨膜区等.HIOMT的保守性较强,是系统进化研究较理想的分子标记.