乳腺癌中基于开放染色质的环状RNA互作网络构建及功能分析

摘要

cqvip:目的发现乳腺癌中重要的环状RNA(circular RNA,circRNA)及其参与的分子生物处理过程。方法全基因组范围内分析3种乳腺癌细胞系:MCF-7、T-47D、MDA-MB-231的脱氧核苷酸酶Ⅰ超敏感位点高通测序数据(DNaseⅠhypersensitive sites sequencing,DNase-seq)和转座酶可接近性染色质高通测序数据(assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq),筛选出捕获的基因编码序列上对应的活化circRNA,然后基于KEGG pathway对活化circRNA基因进行富集筛选,在此结果中选取3个细胞系共有的活化circRNA基因,依据Gene Ontology的分子生物过程构建乳腺癌活化circRNA基因互作网络。结果表达调控网络识别出111个关键功能模块,主要分为调控类和反应类,此外还包括一些重要的信号通路。将活化circRNA基因互作网络中,连接度大于50的活化circRNA基因定义为hub基因,hub基因对应的circRNA定义为hub circRNA,它们是:PTK2B、PDCD6IP、ABL1、EGFR、RHOA、MTOR、NRP1、ATR、CTNNB1、ILK、NF1、PRKCA、HNRNPK、MEF2C、PMAIP1、LYN、NR4A3、SRF、AREG、PML、PTK2、ROCK2、TGFBR2、VEGFA、DLG1、HRAS、ITGA2、CREB1、STAT3、RUNX2和TIAM1。结论乳腺癌细胞染色质中处于活化状态的circRNA,其参与的生物过程主要是正、负调控细胞周期、凋亡、增生、分化等重要的细胞生物过程,因此表明circRNA在乳腺癌的发生发展过程中起到重要作用。