枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定

摘要

通过检测枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH),鉴定其与3个猪种经济性状相关的候选基因.利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)芯片数据对这3个猪群体进行全基因组ROH检测,统计ROH数量、长度及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH),并在高频ROH区域鉴定候选功能基因.结果显示,从枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪群体中分别检测到1588个、3314个和4419个ROH.枫泾猪的ROH平均长度为12.84 Mb,平均FROH为0.084;梅山猪的ROH平均长度为10.55 Mb,平均FROH为0.164;沙乌头猪的ROH平均长度为10.52 Mb,平均FROH为0.141.在高频ROH区域共鉴定到9个枫泾猪候选功能基因和8个梅山猪候选功能基因.研究结果为枫泾猪、梅山猪和沙乌头猪的资源保护和分子标记辅助选择奠定了基础.