狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析

摘要

MAP2K1基因属于GnRH信号通路且与哺乳动物的卵泡发育紧密相关。为研究MAP2K1基因在狮头鹅上的基因多态性,以200羽狮头鹅为试验对象,利用DNA池结合PCR产物直接测序法,筛选出SNP位点并进行生物信息学分析。检测结果表明,在狮头鹅群体中发现1个SNP位点,为E3-63 A>G,存在3种基因型。生物信息学预测显示,MAP2K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变,属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白,存在卷曲螺旋结构,无信号肽存在。亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9%、30.4%、8.7%,主要在细胞核发挥生物学作用;有34个磷酸化位点,有1个N-糖基化位点,1个保守结构S_TKc,蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成。MAP2K1基因突变前后mRNA的最小自由能,质心发生二级结构,含有假结的mRNA二级结构、折叠结构、MaxExpect结果、点-括号结果、最小自由能、mRNA结构的热力学集合、质心结构所形成的山地图发生改变,且自由能上升,结构稳定性变弱。从狮头鹅MAP2K1基因的11个外显子上检测出1个SNP位点,MAP2K1基因突变前后改变mRNA二级结构,为进一步研究MAP2K1基因对狮头鹅产蛋数量提供参考。