应用DNA甲基化芯片对胃癌及其癌旁组织基因组甲基化的分析

摘要

目的：应用DNA甲基化芯片检测胃癌及其癌旁组织基因组甲基化情况,并进行功能分析。方法：采用甲基化DNA免疫沉淀方法(MethylatedD NAimmunoprecipitation，MeDIP)结合NibleGen公司DNA甲基化芯片对胃癌及其癌旁组织进行甲基化情况分析。结果：位于基因启动子区，存在于胃癌组织中的甲基化差异基因为113个，如SHP1、FGF8、CSF2RA；存在于癌旁组织甲基化差异基因为161个，如：TNF、IGF2、BMP7。位于CpG岛，存在于胃癌组织中的甲基化差异基因为123个。如：WNT2B、JAK2、TPT1；存在于癌旁组织甲基化差异基因为139个，如：TNFRSF4、HOXC8、NFYA。这些基因位于不同的染色体上，胃癌组织中以1号和4号染色体甲基化差异基因最多，均为11个。18号和20号染色体甲基化差异基因最少，均为1个；癌旁组织中以9号、19号和20号染色体甲基化差异基因最多，均为11个， Y染色体甲基化差异基因最少，为0个。结论：胃癌组织及其癌旁组织基因组DNA甲基化情况存在显著差异。DNA甲基化基因分布在不同染色体上，其个数和分布差异很大，CCDC6、FGF8、CSF2RA、WNT2、PRKAR2A、TNF、PRKACA、BMP7、SHP1、JAK2等基因与多条肿瘤相关通路有关。