基于CUDA平台的数据库序列比对算法加速

摘要

在生物信息学中，数据库序列比对是极为常用的操作，Smith—Waterman算法是最流行的序列比对算法，精确度高，但是计算复杂度高，在进行大量的序列比对非常耗时。另外，生物技术的发展使得已知的序列数据库变得越来越庞大，这导致进行数据库序列比对所消耗的时间也越来越长，因而有必要加速数据库序列比对算法。NVIDIA提出了CUDA编程架构，相比之前的GPGPU具有更好的可编程性，用户可以更轻松地发掘出GPU强大的计算能力。在CUDA平台上实现了Smith—Waterman的数据库序列比对算法的并行加速，速度优于已有的基于GPU的实现，超过了基于启发式算法的BLAST算法执行速度。