柚AUX/IAA基因族的基因注释分析

摘要

以De novo转录组学方法分析柚Citrus grandis Osbeck cv.生长素/吲哚乙酸蛋白（auxin/indoleacetic acids protein，AUX/IAA）基因家族的基因。以特早熟龙柚（变异型）和琯溪蜜柚（参照型）嫩果和叶片为材料，经过RNA提取、反转录、测序、组装得到Unigene序列。Unigene序列在 Nr、Swiss-Prot、KEGG和 COG四大数据库中进行比对，获得AUX/IAA家族基因注释结果。采用数字基因表达标签（digital gene expression tag， DGE）技术，对样本中基因转录丰度以RPKM值表示，比较处理组和对照组的RPKM值，以倍性变化≥2确定差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）。从特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中，总共注释到17个 AUX/IAA 基因家族基因，它们都在特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中表达。其中在龙柚嫩果（FE）和蜜柚嫩果（FL）中有1个差异表达基因（序号：035781）；在龙柚叶片（LE）和蜜柚叶片（LL）中有1个差异表达基因（序号：001808）。注释到的17个AUX/IAA基因家族基因各有14个在克莱门特柚Citrus clementina和中国甜橙Citrus sinensis报道过。