羊口疮病毒疫苗株和ORFV-PN株ORFV011基因的比较分析

摘要

cqvip:【目的】比较分析羊口疮病毒疫苗株与ORFV-PN株ORFV011基因的分子特点、编码蛋白的生物学功能差异,为福建省羊口疮的科学防控提供理论指导。【方法】对羊口疮疫苗株和ORFV-PN株ORFV011基因进行克隆和测序,运用生物信息学相关软件比较分析两者测序结果的差异。【结果】测序结果显示,疫苗株和ORFV-PN株ORFV011基因均由1137个核苷酸组成,编码378个氨基酸。核苷酸序列和氨基酸序列相似性比较显示,ORFVPN与疫苗株和弱毒株D1701株ORFV011基因核苷酸序列相似性分别为98.6%和98.4%,氨基酸序列相似性均为98.7%。与疫苗株相比,ORFV-PN株共有16处核苷酸变异和5处氨基酸变异。在蛋白二级结构上,ORFV-PN株和疫苗株α-螺旋占比分别为34.13%(129/378)和30.42%(115/378),β-转角占比分别为6.08%(23/378)和6.88%(26/378),无规则卷曲占比分别为37.30%(141/378)和39.15%(148/378),β-折叠占比分别为22.49%(85/378)和23.54%(89/378)。蛋白三级结构上,ORFV-PN株预测的三维结构与疫苗株的三维结构在α-螺旋和无规则卷曲上有一定的差异。【结论】福建省羊口疮病毒ORFV011基因出现变异,应当引起广大兽医工作者的重视,有关部门应当加强对羊口疮的监测。