原发性干燥综合征患者唾液腺组织ceRNA调控网络的构建

摘要

目的通过生物信息学方法构建原发性干燥综合征(primary Sjögren’s syndrome,pSS)患者唾液腺组织中的竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络并探讨其发病机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)对pSS患者唾液腺组织中的信使RNA(messenger RNA,mRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱作差异分析。通过miRcode数据库和3个miRNA数据库(TargetScan、miRDB和miRWalk)获取与pSS有关的靶微小RNA(microRNA,miRNA)和靶mRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,对ceRNA网络中差异表达基因(differentially expressed mRNAs,DEmRNAs)进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果在ceRNA网络中有214个DEmRNAs。KEGG分析显示DEmRNAs的主要富集信号通路为丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路和腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路,DEmRNAs中10个枢纽(Hub)基因分别为JUN、CCND1、NRAS、DDX5、KAT2B、VEGFA、SIRT1、CLTA、MCM7和RPS6KA1。结论本研究通过构建ceRNA调控网络,发现网络中DEmRNAs主要富集MAPK和AMPK信号通路,为进一步深入探讨原发性干燥综合征的诊断和治疗提供了新的思路。