基于RNA-Seq鉴定和分析蒙古牛抗寒过程中骨骼肌的可变剪接事件

摘要

为了鉴定和分析蒙古牛抗寒过程中骨骼肌发生的可变剪接（AS）事件，试验采用Illumina NovaseqTM 6000测序平台对冬季组和夏季组蒙古牛的骨骼肌组织分别进行转录组测序，使用rMATS软件对样品中的AS事件与差异剪接基因（DSG）进行鉴定，并对DSG进行GO富集和KEGG信号通路分析。结果表明：转录组测序共获得272 950 322条原始读长，冬季组与夏季组中发生的AS事件分别为10 966,13 756个，两组的AS事件都以外显子跳跃（SE）事件为主，SE事件在冬夏两组的AS事件总数中所占比例分别为78.64%、82.48%。冬季组与夏季组间共检测到843个显著的DSG。DSG在生物过程、细胞组分和分子功能类别中分别富集到了380,105,174个GO条目。DSG共在20条信号通路中发生富集，其中PPAR信号通路、胰岛素抵抗、TCA循环及昼夜节律等与能量代谢密切相关的信号通路富集明显。说明冬夏两季蒙古牛骨骼肌可能在脂质代谢、氧化应激、胰岛素敏感性及昼夜节律方面存在较大差异。