SARS-CoV、SARSL-CoV与其他冠状病毒的种系发生分析

摘要

目的分析不同流行时段重症急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndromes coronavirus,SARS-CoV)病毒株与重症急性呼吸综合征样冠状病毒(severe acute respiratory syndromes like coronavirus,SARSLCoV)及其他冠状病毒的分子进化关系。方法从美国国立生物技术信息中心获取不同分离时段的SARS-CoV(9条)、所有SARSL-CoV(24条)、其他冠状病毒(26条)的全基因组序列,用Clustal X 2.1软件进行多重序列比对,用邻接法(neighbor-joining,NJ)MEGA 6.0软件构建系统进化树。结果在包含SARS-CoV、SARSL-CoV和其他冠状病毒基因组序列的不同数据集中,流行早、中期SARS-CoV与流行末期毒株的基因组序列均分别属于不同的分支;以流行早、中期SARS-CoV为根的有根树显示,流行末期SARS-CoV遗传距离最远,而与SARSL-CoV和其他冠状病毒遗传距离更接近。结论流行末期SARS-CoV与流行早、中期SARS-CoV遗传差异大,且可能存在逆向/返祖进化。