鸟类基因组进化树的构建与分析

摘要

本文选取了47种鸟类的基因组作为研究对象,根据靶定下一代DNA测序技术(targeted next-generation DNA sequencing)得到的394个保守片段的DNA序列数据,统计了从9联体到14联体的频数及其频率,基于k联体(k-mer)非联配算法得到了任意两种鸟类之间k联体的距离矩阵,并运用邻接(Neighbor-Joining)法构建了47种鸟类的进化树,发现当k = 12时达到稳定。最后,通过将该树与Prum和Jarvis构建的进化树进行了比较,分析了鸟类的进化和分类. 结果发现三个进化树基本一致, 只有部分姐妹分支有差别, 说明12联体的相对频数是能够较好描述基因组进化的动力学变量。