基于Contig的单面基因组片段填充问题研究

摘要

近些年来,随着基因测序技术的继续发展与应用,大量不完整基因组片段的处理问题有待研究。同时由于目前大部分的生物学研究是基于基因组序列可以提供完整信息的假设,但通过生物测序技术获得一个完整的基因组序列仍是困难的。因此基因组重组问题在计算生物学领域愈发受到关注和研究,研究如何填充缺失基因组使其完整,具有重要意义。针对单面基因组片段填充算法,目前常采用最大化公共邻接数目的度量依据,是将缺失基因填充至不完整基因序列中得到填充后的重排列基因序列,使之与参照基因序列之间的新公共邻接数目最大。主要研究了基于contig(片段重叠群)的单面重复基因组填充问题,重点对该问题的现有算法在近似比、核心技术以及时间复杂度等多方面进行了对比分析与总结,并分别提出了各类算法的改进思路,有助于进一步研究基于contig的单面序列填充问题。