DNA序列中弱信号基序查找算法比较与分析

摘要

在DNA序列中查找基序是生物信息学中一个重要的计算问题,人们针对这一计算问题提出了多种模型和算法.由于DNA序列数据的复杂性,在其中有许多是比强信号基序更难提取的弱信号基序.而目前植入(ι,d)基序问题(PMP)和扩展植入(ι,d)基序问题(EMP)是较适合模拟弱信号基序查找的问题模型.本文归纳分析了基序查找的基本方法、策略和基序模型,指出了各种策略和模型的优势与不足.在此基础上对现有的基于植入基序查找问题模型的主要弱信号基序查找算法进行了分析和实验评估,为选择计算方法查找弱基序信号提供了参考,并讨论了该方向上尚未解决的问题和发展趋势.